Концепция многоцелевого самолёта, способного выполнять функции бомбардировщика, тяжелого истребителя и разведчика, оказалась модной не только во Франции, которую по праву можно было считать законодательницей в этом направлении. Подобная тенденция в развитии авиации затронула все ведущие авиационные державы и Германия тоже не стала исключением. В соответствии с выданной в 1934 году спецификацией на самолёт подобного класса фирма Bayerische Flugzeugwerke разработала двухмоторный многоцелевой истребитель Bf.110, принятый в следующем году на вооружение и прослуживший всю войну. Пока шла его разработка, требования Luftwaffe существенно изменились - теперь требовалось создать более специализированный скоростной бомбардировщик, который можно было бы использовать в качестве разведчика. Успех, сопутствовавший на ранней стадии испытаний тяжелого истребителя Bf.110 позволил фирме Bayerische Flugzeugwerke в кратчайшие сроки подготовить техническую документацию по разведывательному варианту, обозначенному как Bf.161. Самолёт строился уже с учетом полученных при испытаниях "сто десятого" данных и в целом был похож на свой прототип. Разведчик получил практически без изменений крыло от Bf.110B, но центральная и хвостовая часть фюзеляжа, а также винтомоторная группа были позаимствованы у бомбардировщика Bf.162, постройка которого велась параллельно с ним. Вместо бомбоотсека у Bf.161 устанавливалась фотокамера или дополнительный топливный бак. Экипаж самолёта состоял из 2-3 человек, размещавшихся в общей кабине в передней част фюзеляжа.

Первый прототип разведчика Bf.161V-1 (D-AABA) поднялся в воздух весной 1938 года - через год после начала испытаний скоростного бомбардировщика Bf.162, программа которого имела более высокий приоритет. Проведенные тесты не выявили каких-либо определенных преимуществ перед уже имеющимися Bf.110C, способными выполнять те же функции без значительной переработки или срывов в серийном производстве. Построенный в том же году прототип Bf.161V-2 с доработанной носовой частью фюзеляжа, также не нашел поддержки.