Заказ на создание ХС-99 ВВС США подписали 31 декабря 1942 г. Работы над проектом велись параллельно В-36, для ХС-99 был спроектирован фюзеляж с двухпалубной гермокабиной длиной 55,6 м, шириной 4 м и высотой 7,66 м. Крыло и силовая установка были такими же как и у В-36. Первый вылет самолёт совершил 24 ноября 1947 г. Испытания продолжались до весны 1949 г. Предполагалось в состав каждого авиакрыла вооружённого В-36 передать по одному ХС-99, для перевозки оборудования, топлива и вооружения (в том числе атомного). Однако строительство этого самолёта оказалось слишком дорогим, и был изготовлен лишь один его экземпляр.